En el caso del proyecto Margal Ulla estas son:

• Consellería de Medioambiente Territorio e Infraestructuras, que es el organismo al que corresponden las tareas de coordinación del proyecto. Estas, se realizarán fundamentalmente a través de la Dirección Xeral de Conservación da Natureza.
• Universidad de Santiago de Compostela, que cómo beneficiaria asociada participa en la ejecución de diversas acciones del proyecto, al que asistirá a través de los Departamentos de Genética y de Zoología y Antropología física, de la Facultad de Veterinaria, y/o del de Química Física, de la Facultad de Químicas. Entre estas acciones destacan el Inventario detallado de las poblaciones de Margaritifera margaritifera, la reintrodución y reforzamiento de sus poblaciones y el desarrollo de un Plan de seguimiento y vigilancia ambiental del hábitat fluvial de estas especies.
• Augas de Galicia, que también colabora en el proyecto como beneficiaria asociada, prestando su apoyo en diversas acciones, entre las que destacan el Inventario y caracterización de los focos de contaminación por partículas en suspensión, purines, aguas residuales domésticas y residuos sólidos, así como de las zonas de ribera degradada en el área de actuación y la preparación de las actuaciones de eliminación de obstáculos.
• Por último, la Consellería de Medio Rural participa así mismo como beneficiario asociado, siendo responsable de la Implantación de buenas prácticas agrarias enfocadas a la mejora de la calidad del hábitat de las especies objetivo del proyecto, así como de las acciones de Educación ambiental con agricultores y ganaderos para reconocer los problemas generados por la mala gestión de los purines y otros contaminantes