A náiade Margaritifera margaritifera, tamén coñecida como mexillón de río, e a toupa de río, Galemys pyrenaicus, son as especies nas que se van centrar as actuacións do proxecto Margal Ulla. Ambas as dúas figuran no Catálogo Galego de Especies Ameazadas (decreto 88/2007 do 10 de abril). A primeira delas está catalogada "en perigo de extinción", mentres que a segunda aparece como "vulnerable", se ben actualmente existe gran incertidume sobre o seu verdadeiro grao de ameaza.
No ámbito galego estas dúas especies dispoñen, dende xuño de 2009, dunha proposta técnica de Plan de Recuperación de M. margaritifera (L.) e de Plan de Conservación de Galemys pyrenaicus (G.), ambas as dúas elaboradas, a iniciativa da Dirección Xeral de Conservación da Natureza, para servir como instrumentos de planificación a partir dos cales establecer medidas de conservación que agora se porán en marcha no marco de Margal Ulla.
Adicionalmente, as medidas de conservación propostas no proxecto beneficiarán tamén a outras moitas especies ligadas ao medio fluvial, as que requiren hábitats de bosques de ribeira ben conservados e unha boa calidade das augas. De xeito especial, beneficiaranse tamén algunhas das que se atopan no Anexo II da Directiva Hábitat, como Macromia splendens, Coenagrion mercuriale (Odonata) ou Chioglossa lusitanica (Amphibia) e, entre as plantas, Narcissus cyclamineus.
A náiade de río é un molusco bivalvo semellante na forma a un groso mexillón de mar e pode acadar unha lonxitude de ata 12 centímetros. Pertence á orde Unionoida, que agrupa aos grandes bivalvos de auga doce caracterizados por presentar un complexo ciclo vital no que, afastándose da larva planctónica típica, desenvolven unha variante denominada "gloquidio". Para o seu completo desenvolvemento, estes gloquidios teñen que contactar temporalmente cun peixe hospedador que tamén lles sirve como medio de transporte e que contribúe a espallar as colonias ao longo do río.
Margaritifera margaritifera é propia de augas frías, osixenadas, correntes e con baixo contido de calcio. Distribúese nos ríos oligotróficos do hemisferio norte, a ambos lados do Atlántico e durante moito tempo foi moi abundante en todos os ríos europeos que verten tanto a este océano como ao Ártico. Recentes estudos revelan que dende o último século está sufrir un dramático declive en todo o seu rango de distribución, considerándose unha das especies de bivalvos máis ameazada do mundo.
Caracterízase por unha exquisita especificidade do hospedador dos seus gloquidios, xa que só serán viables aqueles que se fixen nas galadas dos salmónidos (salmón, reo o troita), de aí que o seu estado de conservación se atope moi condicionado á propia existencia destes últimos.
As causas do seu declive son variadas e comúns a outras especies do medio acuático. Pódense citar, por exemplo, a polución industrial e urbana; o declive das poboacións de salmónidos; as actuacións nos cursos fluviais; as instalacións hidroeléctricas; os cambios na morfoloxía fluvial; as operacións de deforestación; os incendios forestais; as actividades agrogandeiras; a acidificación; así como os efluentes directos procedentes de actividades próximas aos rios, como granxas e piscifactorías.
Galemys pyrenaicus éun pequeno mamífero da orde Soricomorpha, inconfundible polo seu aspecto. Cunha lonxitude da súa cabeza e corpo entre 11 e os 13’5 centímetros, asemellase en certo sentido a unha toupa, aínda que a súa cabeza é cónica e prolóngase nun fociño móbil e prominente cos orificios nasais en posición dorsal. Presenta unhas características patas posteriores, que son grandes e palmeadas, e unha longa cola con escamas, comprimida no seu extremo distal adaptadas para a natación.
Habita nas ribeiras de ríos e regatos con características de curso alto, construíndo o seu niño entre rochas, baixo as raíces de grandes árbores ou aproveitando as galerías doutros animais. É un excelente mergullador que se alimenta principalmente de pequenos invertebrados que habitan no leito dos ríos, aos que captura grazas a un olfacto e un gusto moi desenvolvidos e, en especial, a un tacto extraordinario, que reside nos pequenos pelos da súa trompa. Estes, son moi sensibles a cambios de presión da auga e poden detectar obstáculos ou presas a 1 metro de distancia, de xeito similar a como actúa un sonar.
A toupa de río, é un mamífero soricomorfo, endémico da Península ibérica, cunha distribución xeográfica que comprende o Arco Atlántico da mesma, presentado núcleos de poboación en España, Portugal, Francia e Andorra. Trátase do único representante deste xénero que, xunto coa toupa de auga rusa (Desmana moschata), descende dunha liñaxe evolutiva peculiar de mamíferos insectívoros adaptados á vida semiacuática.
As súas costumes nocturnas e pouco conspicuas fan que o estudo desta especie presente gran dificultades, polo que a información actualmente dispoñible sobre el é moi limitada. Non obstante, por fragmentarios ou incompletos que poidan ser, os datos dispoñibles na actualidade coinciden en que nas últimas décadas se produciu unha importante regresión da súa área de distribución e unha severa fragmentación dos seus núcleos de poboación.